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在微生態學發展的早期，學者們所說的微生態失衡就是指腸道菌群紊亂。實際上，人體微生態平衡不單單局限在腸道微生態，在人的皮膚、口腔、呼吸道等也都有微生態環境，微生態失調影響整個機體健康，但是腸道微生態系統在人體微生態系統中是最主要的。
腸道微生態失調就是：“正常的微生物群之間和正常微生物群與宿主之間的微生態平衡，在外環境影響下，由生理性組合轉變為病理性組合狀態。”簡單說，腸道微生態失調就是腸道內菌與菌的失調，或是菌與機體的失調，或是菌和機體的統一體與外環境失調，使腸道從正常情況轉為病態。

腸道微生態失衡大體可分為三度：
（１）一度失衡，只能從細菌定量檢查上發現菌群組成有變化，臨床上無或僅有輕微表現，為可逆性改變，去除病因后可自然恢復。
（２）二度失衡，不可逆，在臨床上可有多種慢性疾病的表現，如慢性腸炎、慢性痢疾等。
（３）三度失衡，也稱為菌群交替癥或二重感染，腸道的原籍菌大部分被抑制，而少數菌過度繁殖，臨床表現病情急且重，多發生在長期大量應用抗生素、免疫抑制劑、細胞毒性藥物、激素、射線后，或患者本身患有糖尿病、惡性腫瘤、肝硬化等疾病。

腸道微生態失衡的診斷根據有哪些？
（１）病史中具有能引起腸道微生態失衡的原發性疾病。
（２）有腸道微生態失衡的臨床表現，如：腹瀉、腹脹、腹痛、腹部不適等癥狀。
（３）有腸道微生態失衡的實驗室依據：①糞便鏡檢球/桿菌比值。②糞便菌群涂片或培養中，非正常細菌明顯增多，甚至占絕對優勢。③糞便細菌指紋圖譜等新技術檢測，明確腸道微生態改變。
導致腸道微生態失衡的原因有多方面，有關專家認為，這些原因造成的影響有些可能是一個累積的過程，也許不會立即導致人體患病，但腸道微生態失衡是導致亞健康的重要因素。因此切不能疏忽大意。